Com a promulgação da Constituição Federal de 1988, o governo federal delegou maiores poderes de ação a estados e municípios no que tange às políticas públicas de saúde. Nesse contexto, o objetivo deste artigo é estudar a estrutura dos gastos com saúde dos municípios, analisando principalmente as pressões políticas – de direcionamento partidário – e pressões institucionais – via governo federal. Através das técnicas de decomposição de diferenciais e de regressão quantílica, analisamos os gastos municipais com saúde nos anos de 2002 e 2006 e, como resultado principal, encontramos pouca relevância partidária na determinação dos gastos com saúde. Antes disso, o que parece ter se tornado mais importante foi a pressão institucional via Emenda Constitucional no 29, que determinou piso de gastos com recursos próprios por parte das prefeituras.