Esse estudo tem o objetivo de analisar a diferença no desempenho dos alunos de escolas brasileiras públicas e privadas, com base no questionamento das suposições que fundamentam as técnicas usuais de estimação. Devido aos fatores socioeconômicos interferirem significativamente na escolha dos pais sobre a escola dos seus filhos (viés de seleção), questiona-se os resultados dos estudos que consideram as suposições de identificação da metodologia de pareamento no escore de propensão (PEP) e regressões lineares na investigação da diferença de resultados entre as escolas públicas e privadas. A metodologia de identificação parcial (Manski, 1989) permite estimar limites com suposições menos restritivas e verificar se as estimações pontuais das metodologias usuais não ultrapassam os limites do intervalo. Utilizando as informações do Sistema de Avaliação da Educação Básica (SAEB) de 2005 (INEP, 2007) para os estudantes do 5o e 9o anos do ensino fundamental, comprova-se que a aplicação das metodologias usualmente utilizadas, que se baseiam nas suposições de ignorabilidade e imputação, sobreestima o efeito das escolas privadas. Todavia, ao utilizar hipóteses menos restritivas, esse efeito permanece significativamente positivo. Esses resultados devem advir do forte viés de seleção relacionado à restrição do nível de renda dos pais, que contribui para explicar a escolha da escola do filho e dificulta a determinação de um aceitável contrafactual.